Zadałeś pytanie

Czy w takim przypadku mogę zastosować procedurę wyznaczenia punktu granicznego i zamarkować tylko palikiem?
Czy jednak konieczne jest wznowienie znaku granicznego ponieważ był on 4 lat temu zastabilizowany kamieniem granicznym.

Powiem tak. Odpowiedź może być różna w zależności od kogo ją uzyskasz. Wiem, że część administracji geodezyjnej (wingiki, geodeci powiatowi, weryfikatorzy) uważa, że jak był znak, to można tylko wznowić. Są też tacy (wingiki, geodeci powiatowi, weryfikatorzy) którzy uważają odmiennie, czyli racjonalnie. Znaczy się dociera do nich, że jeśli zleceniodawca chce palik a nie kamień graniczny, to na siłę nie powinno się go uszczęśliwiać. Sam musisz ocenić, czy ważniejsza jest wola właściciela czy urzędnika. Bo przecież oprócz woli właściciela urzędnik musi zweryfikować operat i go przyjąć lub odrzucić. A Ty zawsze masz wybór. Możesz przecież na życzenie klienta wbić palik, a na życzenie urzędnika pokazać w operacie, że wbiłeś rurkę lub wkopałeś  kamień graniczny. Wszyscy będą zadowoleni, bo Ty zarobisz kasę, klient będzie miał palik, a urzędnik trwałą stabilizację.

Można?.........Można !     

Jeśli starosta życzy sobie dokonanie stabilizacji znakami granicznymi, nie ma problemu. Niech da zlecenie na stabilizację jako zainteresowany podmiot - art 39 ust 2.

Dodam jeszcze, że treść art 39 ust 1 nie wyklucza możliwości zastosowania art 39 ust 5.
Nie znajduję w treści art 39 ust 1 wyraźnego nakazu z którego wynikałaby konieczność przywracania zniszczonej stabilizacji punktów granicznych.

Co do zasady, przepisy należy czytać całościowo.
Z całego art 39 wynika, że:
1. wznowienie/wyznaczenie punktów granicznych następuje w związku ze zleceniem zainteresowanych podmiotów (niekoniecznie właścicieli)
2. jako, że punkty graniczne, o których piszesz, były uprzednio ujawnione w ewidencji gruntów i budynków, nic nie stoi na przeszkodzie, aby zastosować art 39 ust 5.
3. art 39 ust 1 daje możliwość, a nie jest to nakaz, natomiast art 39 ust 5 daje możliwość trwałej stabilizacji lub odstąpienie od tej stabilizacji.