Reguł kolizyjnych jest trochę więcej.
Jeżeli już chcesz iść w kierunku norm kolizyjnych, to masz tu kolizję dwóch reguł kolizyjnych I stopnia: lex posterior derogat legi priori z regułą którą przytoczyłeś: lex specialis derogat legi generali.
Dla takich sytuacji znajdują zastosowanie reguły II stopnia, ale nie uważam, żeby to była dobra droga do rozwiązania Twojego problemu.

W zasadzie analizując problem, należy spojrzeć na cel obu tych przepisów. Po analizie celów dojdziesz do wniosku, że reguły kolizyjne nie mają tu żadnego zastosowania, ponieważ akty prawne, które określają zawartość operatu służą do czego innego. Rozporządzenie w sprawie rozgraniczenia zawiera instrukcje, co trzeba zrobić, żeby sporządzić dokumentację właściwą do wydania decyzji o rozgraniczeniu, tymczasem rozporządzenie w sprawie standardów zawiera instrukcje, co należy zrobić, żeby sporządzić operat, który w wystarczający sposób udokumentuje zmianę w zasobie wywołaną tym operatem.

Zatem jeżeli chcesz doprowadzić tym samym operatem do aktualizacji zasobu i potem do wydania decyzji, to operat musi spełniać wymagania obydwu tych aktów prawnych.