Nie znam ani stanu na gruncie, ani dokumentacji zasobu dotyczącej przebiegu granic więc trudno mi się odnieść jednoznacznie do Twojej konkretnej sprawy. Mogę zatem powiedzieć całkiem ogólnie, że nie w każdym przypadku przy podziale, gdy któraś z granic przylega do wody płynącej, należy tą granice określać w trybie ustawy prawo wodne. Mam na myśli to, że w niektórych sytuacjach można taką granicę ustalić w trybie rozporządzenia EGiB, lub też znaki graniczne wznowić, a punty wyznaczyć. Tutaj tak naprawdę problemem jest to, że grunty pod wodami płynącymi nie podlegają obrotowi. Nie można zatem dopuścić do sytuacji, że zakładany cel wydzielenia jednej z działek (domyślam się, że będzie jakaś transakcja) nie zostanie zrealizowany po podziale. Jeśli jednak faktycznie linia brzegu przekracza granice działki, którą dzielisz, należy coś z tym zrobić. Odradzałbym jednak wchodzenie na siłę w ustawę prawo wodne. Po pierwsze,wnioskodawca musi mieć interes prawny lub faktyczny. Czasami przygotowanie i złożenie takiego wniosku mocno "kłóci" się z interesem wnioskującego o podział. Chociażby ze względu na czas. Jest jednak rozwiązanie, które w sposób mało kolizyjny zabezpieczy interesy wszystkich. Mówi o tym par.82a rozporządzenia ws EGiB
§ 82a.
1. Do czasu ustalenia linii brzegu cieków naturalnych, jezior oraz innych naturalnych zbiorników wodnych na zasadach określonych w przepisach art. 15 oraz art. 15a ustawy z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo wodne (Dz. U. z 2015 r. poz. 469, 1590 i 1642 i 2295 oraz z 2016 r. poz. 352) przebieg granic działek ewidencyjnych między gruntami tworzącymi dna i brzegi tych cieków, jezior i zbiorników a gruntami do nich przyległymi wykazuje się w ewidencji za pomocą danych ustalonych na podstawie wyników geodezyjnych pomiarów sytuacyjnych, przy wykonywaniu których identyfikacji przebiegu tej granicy dokonano zgodnie z przepisami art. 15 ust. 1, 5 i 6 ustawy z dnia 18 lipca 2001 r. - Prawo wodne.
Znaczy to tylko tyle, że w tym trybie można określić linię brzegu bez wchodzenia w ustawę prawo wodne. A jeżeli osoba mając interes prawny lub faktyczny złoży wniosek do ministra o ustalenie linii brzegu, będzie on dotyczył już wydzielonej przez Ciebie działki. Pozostaje kwestia techniczna, czyli jak taki podział (wydzielenie terenu zajętego przez wodę płynącą) zrobić. Ale o tym możemy pogadać, jak Cię moje porady zainteresują. Chyba, że wcześniej ktoś inny zaproponuje Ci lepsze rozwiązanie.