Mam dwa pytania, jeśli można.

W jakim trybie dokonano ugody?
Co to za dokument, który został zakwestionowany? 

Nie jestem pewny, czy wszystko dobrze zrozumiałem ale z tego co napisałeś, wszystko wykonałeś zgodnie z przepisami. Może z jednym wyjątkiem ale o tym później.

Zapis określony w § 24 pkt 5) rozporządzenia w sprawie rozgraniczania nieruchomości stanowi, że dokumentacja techniczna zawiera

obliczenia powierzchni rozgraniczonych nieruchomości lub obliczenia różnic powierzchni, w wypadku gdy rozgraniczenie dotyczyło niektórych granic nieruchomości, a pozostałe granice nie były pomierzone na osnowę geodezyjną

Oznacza to, że w czasie ustalania granic w trybie rozgraniczenia i stwierdzeniu konieczności korekty powierzchni, możemy tego dokonać określając standardy współrzędnych punktów granicznych tylko dla odcinków granic (punktów granicznych) niezbędnych dla obliczenia różnicy powierzchni. Jest na to konkretny przepis i nikt nie powinien z nim dyskutować, skoro jest precyzyjnie określony i obowiązujący.   

Jedyną wątpliwość prawną może budzić fakt, że tak jak napisałeś sporządziłeś wykaz zmian danych ewidencyjnych, a nie jak w rozporządzeniu stwierdzono (§ 24 pkt 6) - wykaz zmian gruntowych. Moim skromnym zdaniem zrobiłeś jednak prawidłowo. Wykaz zmian gruntowych co do zasady sporządza się w sytuacjach, gdy zmiany ewidencyjne zatwierdza decyzja administracyjna (podziały, rozgraniczenia). W Twoim przypadku została dokonana Ugoda, więc decyzji nie będzie. Dokonując analizy sporządzanych przez geodetę dokumentów powodujących zmiany w ewidencji gruntów można dostrzec, że część z nich (wykazy zmian danych ewidencyjnych) są dokumentami samodzielnymi, a część z nic (wykazy zmian gruntowych) załącznikami do decyzji administracyjnych. Wg mnie skoro nie będzie decyzji administracyjnej (bo zawarto ugodę) sporządzamy dokument samowładny, czyli wykaz zmian danych ewidencyjnych.